Helsehaven Trondhjem Medisinske Senter ble åpnet i mars 2009, under navnet Trondhjem Medisinske Senter. Ideen var å samle ulike retninger innenfor medisinsk kunnskap på ett sted, og fokusere på tverrfaglig samarbeid.
Etter kort tid ble det bestemt at det skulle etableres en landsomfattende kjede med medisinske senter bygget opp etter mønster av nyetableringen i Trondheim. Kjeden fikk navnet Helsehaven, og dermed fikk Helsehaven Trondhjem Medisinske Senter sitt nåværende navn.